Sheppard, Weir, McKay y Beckett regresan de su viaje a la Tierra en el Daedalus pero la nave empieza a sufrir dificultades técnicas. Después de 2 muertes por malfuncionamientos, se descubre que la nave ha sido infectada por un virus de los Wraiths durante el sitio, y ahora la nave tiene el instinto de mantenerse viva y matar.
