El Team Rocket ha capturado y llevado a Meloetta al Templo Submarino y ha usado la grabación de la canción de Meloetta para trasladar el templo a la superficie. Y la Operación Tempestad continúa, mientras que Giovanni se hace con el misterioso Espejo Veraz y lo utiliza para convocar a los tres Pokémon legendarios: Tornadus, Thundurus y Landorus.
