El comandante zentradi Britai Kridanik y su archivista, Exsedol Folmo, comienzan a sospechar que los humanos (o "miclones") son la "Protocultura" perdida hace mucho tiempo y envían oleadas de ataque para probar su teoría. Durante un ataque zentradi, Global ordena al Macross que se "reconfigure" a sí mismo en modo de combate para defenderse de ellos. Sin embargo, la medida resulta desastrosa para los civiles y la infraestructura desprevenidos. Roy y Minmay convencen a Hikaru de unirse a la flota espacial de la ONU en el Macross para que pueda seguir volando.
