Tras unos meses de combates, la Macross llega a Marte. Al detectar una base abandonada en la superficie del planeta, la tripulación aterriza para reunir los suministros que tanto necesitan. Quamzin Kravshera, un brillante pero inestable comandante Zentradi, ataca a la Macross. Mientras tanto, Misa solicita permiso para investigar una señal de emergencia procedente del interior de la base.
